我中心内设机构共设10个：办公室（人事科）、党群办公室、综合规划室（杭州工作站）、质量管理室、中心分析室、自动监测室（应急监测室）、海洋监测室、生态遥感监测室、陆域监测室、综合保障室。具体职责：

一、办公室（人事科）

负责中心综合事务协调，重点工作督办。组织协调中心日常运转，协调中心领导公务活动。承担综合性会议组织、文电、机要、保密、档案、政务信息、宣传、财务、政府采购等工作。负责组织起草综合性材料、重要文件。组织制定中心内部工作制度并监督实施。负责中心干部队伍、人才队伍建设。承担机构编制、组织人事、劳动工资、考勤考核、岗位评聘、教育培训和出国（境）管理等工作。负责意识形态工作的日常管理。

二、党群办公室

负责中心党建、纪检工作，承办中心党委、纪委日常工作，负责思想政治教育和理论的学习宣传、贯彻落实、教育监督等。负责党风廉政建设和惩防体系建设，指导各党支部加强组织建设。协助中心党委做好统战、群团、精神文明和扶贫帮困等工作。

三、综合规划室（杭州工作站）

负责制定全省海洋生态中长期发展规划、环境监测方案以及监测数据平台的建设运行及网络安全管理。负责中心监测业务承接、任务分配并督促落实。为生态环境管理提供技术服务与支撑。统筹全省海洋环境监测网络的建设与管理。负责中心对外开放、交流合作等工作，承担杭州工作站及“蓝海联盟”平台的日常运行管理。统筹协调厅及中心首席专家的日常管理工作。承担中心环境监测计划、监测方案、监测报告的编制与审核。组织开展监测业务技术培训。承担生态环境管理科学研究任务，组织海洋生态环境监测新方法、新标准的研究，负责中心科研项目的日常管理。

四、质量管理室

负责全省海洋生态监测质量控制和质量保证工作，指导和帮扶沿海各地市海洋生态环境监测能力建设并参与相关考核评估。负责中心质量保证技术方案的制定与组织实施、实验室信息管理系统的建设和运行管理。负责中心仪器设备日常技术管理。负责中心质量管理体系运作和资质认定工作。承担驻市中心对县（区）监测站的质量体系管理与考核。组织开展生态环境监测质量管理相关技术研究和技术培训。

五、中心分析室

承担中心生态环境监测中重金属、有机物等指标的分析测试工作。承担全省海洋生态环境监测分析技术业务指导工作。协助开展突发生态环境事件应急监测工作。承担新型有毒有害环境污染物的分析技术、应急监测技术、污染治理技术的科学研究及技术培训工作。

六、自动监测室(应急监测室)

承担全省海水自动监测浮标站和舟山市水、气、声等环境自动监测站的运维保障，为环境自动监测设备建设提供技术支持。负责舟山市空气、地表水等环境质量的日报、预报、预警等工作。负责突发性生态环境事件应急监测工作的组织落实。承担生态环境自动监测与应急监测的科学研究和技术培训。

七、海洋监测室

负责海洋环境现场监测的组织实施，承担中心海洋水质、沉积物环境质量等理化因子的监测分析工作。负责全省海洋生态环境质量的评价与趋势分析，编写海洋环境质量评价报告。协助开展生态环境应急监测工作。负责全省海洋环境现场监测技术培训。承担海洋环境监测技术、海洋环境管理的科学研究。

八、生态与遥感监测室

承担中心生物环境质量和生态遥感监测工作。负责水、气、海洋、生态、应急监测中遥感监测技术的探索和应用。协助开展生态环境应急监测工作和海洋生物监测技术培训。承担海洋生物监测技术、遥感监测技术和生态环境管理的科学研究。

九、陆域监测室

负责省驻市生态环境监测中心的日常工作与组织协调。承担舟山市生态环境质量、环境执法、污染事故、污染纠纷等监测工作。协助开展生态环境应急监测工作。承担舟山市生态环境监测体系建设的技术支持工作，负责对各县（区）环境监测站的业务开展技术指导和培训。承担舟山市生态环境质量报告的编写工作。承担陆域生态环境监测技术和生态环境管理的科学研究。

十、综合保障室

负责中心基建、安全保卫、行政后勤管理等工作。负责中心机房、网络等信息化基础设施的建设和维护工作。承担固定资产、设施设备、办公实验大楼、监测船舶和监测车辆的日常管理。拟订并组织实施船舶与车辆安全管理规则。承担船舶和车辆维修保养，做好海上监测作业保障工作。