2020年1月20日，根据浙编办函［2020］61号的批复，浙江省海洋生态环境监测中心(下挂浙江省舟山生态环境监测中心)在原浙江省舟山海洋生态环境监测站的基础上更名成立，本中心为浙江省生态环境厅所属公益一类事业单位，机构规格为正处级，具有独立法人资格，业务上受中国环境监测总站和国家海洋环境监测中心指导，是我国专业海洋生态环境监测一级站。

历史沿革：1987年8月25日，由国家环保局和浙江省人民政府批准在原舟山市环境监测站的基础上批准建立“浙江省舟山海洋污染生态监测站”，1990年12月31日更名为“浙江省舟山海洋生态环境监测站”。1994年国家环保局组建近岸海域环境监测网，任组长单位。1997年6月国家环保总局在本中心挂牌“国家环保总局近岸海域环境监测网中心站”，2002年6月调整为“中国环境监测总站近岸海域环境监测中心站”。2020年1月20日，根据浙编办函［2020］61号的批复，更名为“浙江省海洋生态环境监测中心”，2020年12月16日，正式举行更名揭牌仪式。

2013年6月1日，原浙江省舟山海洋生态环境监测站由舟山市定海文化路17号搬迁至位于舟山市新城体育路20号的新建实验办公大楼，大楼占地5720.5平方米、总建筑面积11937.8平方米。目前，实验室配有428台（套）各类采样及分析设备，主要有：三重四级杆气质联用仪、电感耦合等离子体质谱仪、电感耦合等离子发射光谱仪、液质联用仪、气相色谱仪、离子色谱仪、分子荧光光度计、流动注射仪、原子吸收分光光度计、有机碳测定仪、粒度仪、荧光生物显微镜及图像工作站、倒置生物显微镜等一系列先进仪器，各类仪器设备的功能基本满足各项实验分析的需要，另有局域网和数据传输网络设备各一套。2022年1月，“中国环监浙001”交付使用，更替原“浙海环监”船科学调查船。该船总长63.91米，型宽10.6米，型深4.45米，总吨位998吨，定员40人，设计航速13.5节，续航力 2800 海里。服役后主要在浙江省近岸海域及其他沿海，开展海洋生态环境监测、应急监测和科研调查；具备在入海河口及毗邻海域、沿海／近海海域开展水文、水质、沉积物和生物等现场监测能力。是目前已建成下水的我国生态环境系统首艘近千吨级海洋生态环境专业监测船。  

本中心监测工作质量管理体系完善，1996年首次通过国家计量认证，以后多次通过国家计量认证及扩项评审，监测能力不断提高。至2019年9月，有资质开展的监测项目包括水（含大气降水）和废水、环境空气和废气、土壤/底质/固体废弃物、噪声、海水水质、海洋沉积物/生物体、海洋生物、室内空气、电磁辐射、电离辐射等共十四大类355项549个参数。从事海洋环境监测工作三十多年来，经历了由小到大、由弱到强的发展过程，海洋生态环境监测技术手段和技术力量逐步得到加强，具备饮用水109项全项目监测分析能力及全面开展海洋生态环境调查监测、进行海洋生态环境监测研究和参与国际合作项目的条件和能力，以适应和满足海洋环境管理工作的需要。